15 августа 1941 года в Новгород вошли фашисты. Нацистский генерал фон Герцог, служивший в штабе немецкой армии, осаждавшей Ленинград, приказал разобрать памятник «Тысячелетие России» и вывезти в Германию, решив сделать подарок своему другу на родине (эти элементы ныне утрачены). Зимой 1943/44 года начались работы по демонтажу памятника. Железной дорогой успели увезти бронзовую решетку работы профессора Боссе, окружавшую памятник, а также бронзовые художественной работы фонари, стоявшие вокруг памятника. Но 20 января 1944 года город был освобождён советскими войсками.
К этому моменту монумент представлял собой совершенно голый пьедестал, на котором оставалась нижняя половина шара-державы, верхняя часть которого была полуразрушена. Окружавшие его ранее колоссальные фигуры были разбросаны по снегу площади. При этом многие фигуры оказались испорченными: трёхметровый крест, стоявший на шаре-державе, был срублен у основания и согнут в дугу; бронзовое крепление всюду было перерублено или вырвано из своих мест. Такие небольшие детали, как шпаги, мечи, посохи, щиты и т. п. бесследно исчезли.
Комитет по делам архитектуры при СНК СССР и исполком Ленинградского областного Совета депутатов трудящихся принял решение восстановить памятник в прежнем его виде в самый короткий срок, причём в числе первых объектов разорённого Новгорода. Этим занимался Ленинградский областной отдел архитектуры. «Для передвижения и подъёма фигур был построен узкоколейный путь, а для установки фигур на свои места вокруг памятника устроены леса и изготовлены необходимые приспособления. Потребовалось изготовить более 1 500 недостающих деталей». Памятник был восстановлен уже ко 2 ноября 1944 года, после чего состоялось его второе торжественное открытие.
]
